Morčatá môžu ochorieť aj vtedy, keď žijú samostatne v domácnosti a neprichádzajú do kontaktu s inými zvieratami. Zdravotné problémy môžu súvisieť s infekciou, parazitmi, nevhodnou stravou, nedostatočnou hygienou, poranením alebo genetickými predispozíciami. Morčatá navyše často dlho skrývajú